琴(法米克·詹森 Famke Janssen 饰)的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根(休·杰克曼 Hugh Jackman 饰)恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女(哈莉·贝瑞 Halle Berry 饰)和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得到身份的认同。某公司从一名异种人儿童的基因中提取出了还原变异的X基因的“解药”，可以令异种人的身体与常人无异，解药的问世在异种人中引起了强烈反响，万磁王(伊安·麦克莱恩 Ian McKellen 饰)四处联系不愿改变体质的异种人，试图用暴力反抗人类社会的不公平待遇。金刚狼等人发现琴并未死去，而且她被唤醒的第二重人格拥有极为强大的力量，X教授(帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰)和万磁王各自争取琴，她成为了改变异种人世界的关键人物…
